目前，国内物流业的发展还面临着不少制约因素。中国物流与采购联合会认为，这些制约因素主要表现在四个方面：一是税收负担较重。其一，营业税改征增值税增加了物流企业负担，主要是抵扣项目不健全。服务于小微企业的物流企业无法得到增值税进项抵扣发票；铁路运费细化改革后，电气化费和分流费无法抵扣；物流行业属于轻资产行业，可抵扣项目较少；物流企业的人工成本占经营成本的绝大部分，而在增值税体制下，人工成本得不到抵扣；增值税补贴速度较慢等等。这些因素使物流企业实际税负不降反升，不利于第三方物流企业的发展。此外，国际货代业取消了差额纳税政策，由于上游国际运输执行免税和零税率政策，国际货代业没有进项税抵扣，如果全额征税，绝大多数企业将出现严重亏损。这就会导致部分物流业务转移至国外企业，国内相关企业经营更加困难。二是融资困难、受资本市场冲击较大。一方面，物流企业多属于轻资产企业，取得抵押贷款较难，资金不足制约了物流业的快速发展；另一方面，风险资本、制造业资本开始大量进入物流行业，发展物流园区和仓储基地，存在“炒地皮”、抬高土地价格等非真实性物流投资现象。三是资质审批与物流快速发展不相适应。部分企业进京通行证过少，远远满足不了业务需求和物流快速发展需要；部分城市在子公司取得《道路运输经营许可证》后，还要求各门店取得《道路运输经营许可证》，增加了企业负担。四是市场秩序有待规范。部分大型超市利用垄断地位不公平收取供货商各种费用，不仅大幅抬高了物价，也不利于物流企业的产业延伸和拓展增值服务；此外，部分企业依靠物流要素垄断地位实施非公平竞争。